Organizacja prowadzenia ruchu z wykorzystaniem mijanek samoczynnych jest w dużym skrócie następująca. Ruch na mijankach zawsze odbywa się po prawym torze patrząc w kierunku jazdy. Semafor samoczynny wyświetlić może dwa sygnały - sygnał S1 informujący o tym że osłaniana zwrotnica nie jest nastawiona w prawidłowym kierunku, oraz wskaźnik Wz (czyli Wz1, Wz2 lub Wz3 odpowiednio do położenia zwrotnicy), który informuje że droga przebiegu jest przygotowana i po radiotelefonicznym otrzymaniu pozwolenia można kontynuować jazdę. Sam wskaźnik Wz nie jest sygnałem zezwalającym. Przed tarczą ostrzegawczą semafora wjazdowego (w tym systemie tarcza ostrzegawcza nazywana jest semaforem powtarzajacym) ustawiony jest wskaźnik W29 nakazujący skontaktowanie się z odstępowym dyżurnym ruchu. Zajętość odcinków i mijanek kontrolowana jest przez System Nadzoru Ruchu w oparciu o liczniki osi. System automatycznie śledzi przemieszczanie się pociągów, zlicza czas zajmowania szlaku, wyświetla raporty o prędkości i składzie pociągu podczas wjazdu / wyjazdu z mijanki, a także zapisuje kolejne godziny przyjazdów i odjazdów poszczególnych pociągów z mijanek i stacji. Za pomocą tego systemu dyżurny ruchu może obserwować całość sytuacji ruchowej na monitorze.

W stanie zasadniczym zwrotnice ustawione są na wyjazd z mijanki, semafory wyjazdowe wyświetlają wskaźnik Wz1 (tor A) lub Wz3 (tor B), semafory wjazdowe wskazują sygnał S1, a ich tarcze ostrzegawcze (semafory powtarzające) są wygaszone.